Theo Đài Khí tượng thủy văn khu vực Nam Bộ, hiện rãnh áp thấp tây bắc – đông nam có trục ngang qua Bắc Bộ và Bắc Trung Bộ nối với vùng xoáy thấp trên khu vực giữa Biển Đông tiếp tục duy trì. Gió mùa Tây Nam có cường độ gia tăng.
Do đó, trưa chiều và chiều tối khu vực các tỉnh miền Đông và miền Tây mưa có xu hướng gia tăng cả về diện và lượng so với 24h qua, cục bộ có nơi mưa to đến rất to. Diện mưa to tập trung ở Đồng Nai, phía bắc Vũng Tàu, Bình Phước, Long An, Bến Tre, Trà Vinh, Bạc Liêu.
Đêm có mưa rào rải rác, mưa lớn tập trung ở Kiên Giang, Bạc Liêu, Sóc Trăng. Mưa lớn có thể làm cho nước không thoát kịp gây ngập cục bộ ở khu vực trũng thấp, ven sông. Mưa dông kèm theo sấm sét, mưa đá, gió giật mạnh và lốc xoáy. Trong mưa dông có khả năng xảy ra lốc, sét, mưa đá và gió giật mạnh.
Tin phát đi chiều ngày 5.6 từ cơ quan khí tượng cũng cho biết, trên ảnh mây vệ tinh, ảnh ra đa thời tiết và định vị sét cho thấy mây dông đang phát triển trên khu vực huyện Cần Giờ. Ngoài ra, những vùng mây dông đang tồn tại trên khu vực Long An xu hướng di chuyển theo hướng tây bắc-đông nam về phía TP Hồ Chí Minh.
Trong khoảng từ 0-3 giờ tới, mây dông từ phía Long An tiếp tục di chuyển theo hướng tây bắc-đông nam về phía TP Hồ Chí Minh và gây mưa rào kèm dông cho các khu vực như Củ Chi, Hóc Môn, Bình Chánh, Nhà Bè, Cần Giờ, sau đó vùng mưa khả năng mở rộng ra khu vực trung tâm, TP.Thủ Đức.
Lượng mưa phổ biến từ 5-20mm, có nơi trên 25mm. Trong cơn dông đề phòng sét và gió giật mạnh khoảng cấp 5-7 (8-7m/s).